Hari ke-2 MPLS dan Fortasi SMP Muhammadiyah 2 Yogyakarta dilaksanakan di lingkungan Sekolah. Materi yang disampaikan di hari kedua berhubungan dengan motivasi belajar, penanaman karakter kepemimpinan, AIK dan kemuhammadiyahan, Pengenalan Lingkungan Sekolah dan pembentukan pengurus kelas dan kesiapan kelas.
Siswa datang disambut dengan deretan berjajar guru dan karyawan dan juga kakak-kakak dari IPM untuk bersalaman menyambut kedatangan siswa baru di hari kedua sekolah.
Materi yang disampaikan di hari kedua ini dimulai dengan Materi Motivasi Belajar yang di isi oleh Ibu Ferra Fijantari dan Ibu Nurlailah, yang berasal dari bagian kurikulum SMP Muhammadiyah 2 Yogyakarta. Ibu Ferra menyampaikan pentingnya motivasi belajar guna memperoleh hasil yang maksimal dalam belajar. Selain itu juga disampaikan kiat-kiat belajar untuk mendapatkan nilai raport yang tinggi.
Materi berikutnya adalah materi AIK dan Kemuhammadiyahan yang disampaikan oleh Bapak Dr. Eko Harianto dan Bapak Zainal Muttaqien, yang berasal dari wakaur bagian keagamaan SMP Muhammadiyah 2 Yogyakarta. Materi yang disampaikan berhubungan dengan tata cara beribadah di SMP Muhammadiyah 2 Yogyakarta. Tata Cara Beribadah yang baik.
Materi yang ke tiga disampaikan langsung oleh Ibu Naning Hidayati, Selaku Kepala Sekolah dan Juga Ibu Nur Afiati, Wakaur Humas tetang kepemimpinan, bagaimana menjadi pemimpin di masa mendatang yang unggul. Contoh-contoh pemimpin masa kini, dan yang harus dilakukan anak-anak di lingkungan sekolah.
Materi yang terakhir yaitu pengenalan lingkungan sekolah yang disampaikan oleh Bapak Eko Nurhidayat dan Ibu Wahyu Cholivah dari Bagian Kesiswaan, pengenalan lingkungan sekolah ini menyebutkan tentang apa saja yang berada di lingkungan sekolah. Baik sarana Prasarana dan juga kegiatan intra dan ekstrakurikuler di SMP Muhammadiyah 2 Yogyakarta.
Sebelum Makan siang dan Shalat Dhuhur siswa diajak ke kelas masing-masing bersama wali kelas untuk membentuk pengurus kelas, hal-hal yang dilakukan di kelas, dan komiten bersama wali kelas dan juga sesama murid dalam mempersiapkan kegiatan belajar di sekolah.
